剛畢業的醫學院學生保本（加山雄三 Yuzo Kayama 飾），在父親的介紹下，來到窮鄉僻壤的小石川診所實習。他的老師是一位被稱作紅鬍子（三船敏郎 Toshiro Mifune 飾）的古怪醫師。起初，嚮往長崎的保本對這個貧民窟厭惡之極，並遷怒於紅鬍子，覺得自己受騙上當，無用武之地。 紅鬍子是這裡遠近聞名的杏林高手，他沒有對保本提什麼要求，而是默默地行醫，不畏權貴，不計酬勞，手下治癒的病人不計其數，其中包括因受虐精神失常的少婦（香川京子 Kyôko Kagawa 飾），因酗酒導致半身麻木的醉漢，因被販賣至青樓身患性病的雛妓等等。在協助紅鬍子救死扶傷的過程中，保本逐漸發現了醫德的重要，並修正了自己的人生態度……